In de nabije toekomst wordt verzekeringsdetective William Geld (Tim Robbins) naar Shanghai gestuurd om een fraudezaak op te lossen. De dader, een jonge werkneemster van het bedrijf (Samantha Morton), is snel gevonden, maar in plaats van haar aan te geven begint hij een affaire met haar. Waarom hij dat doet is hemzelf evenmin duidelijk als de kijker. Het blijkt een gedoemde liefde, niet zozeer omdat Geld thuis in Seattle een lieve vrouw en een schattig zoontje heeft, maar vooral omdat de jonge vrouw, Maria, hetzelfde DNA bezit als zijn moeder.
Het is het verhaal van Oedipus, verplaatst naar de 21e eeuw, wanneer genetische manipulatie de menselijke verhoudingen ingrijpend heeft gewijzigd. Dat was, kort samengevat, het uitgangspunt van regisseur Michael Winterbottom en scenarioschrijver Frank Cottrell Boyce, die een jaar eerder verantwoordelijk waren voor het melancholisch-grappige 24 Hour Party People. Het zal duidelijk zijn, dit is andere koek: een Brave New World, volgens het verbeterde recept van J.G. Ballard en William Gibson. De film werd met een relatief klein budget gemaakt, zonder geld voor kostbare sets, maar Winterbottom buit die handicap in zijn voordeel uit. Hij maakte veel van zijn opnamen in Shanghai, dat een overtuigd futuristisch decor vormt en waar de toekomst al begonnen is.
De vormgeving is de grote kracht van Code 46, de makke is vooral het scenario waarin de ideeën (sommige boeiend, sommige banaal) voorop blijven staan. Ondanks goed acteerwerk, met name van Robbins als de man die is verdwaald in eigen leven, willen de personages maar niet tot leven komen. Toekomstbeeld of niet, hun onmogelijke romance wekt een gevoel van déja vu.